Manuel terapinin etki mekanizması mekanik ve nörofizyolojik olarak ikiye ayrılabilir.

Mekanik etki, eklemlerimizdeki eklem sıvısının arttırılması ve eklem içinden veya dışından kaynaklı oluşan gerginliğin azaltılması sonucu hareketin kolaylaşmasını sağlar. Bunu tıpkı kullandığımız hareketli bir eşyanın yağlanması sonrası ile hareketin akışkanlığının artmasına benzetebiliriz. Böylece ağrı yaşadığımız bir eklemin veya hareketi kısıtlanmış eklemin hareketi rahatlar ve kişinin bu hareketleri daha akıcı şekilde yapmasına neden olur.

Nörofizyolojik etki ise manipülasyon ve mobilizasyon esnasında eklem ve çevre dokulardan beyne uyarılar gider. Uyarı sonrası beyin sorun yaşadığımız eklem üzerinde hareketi sağlayan kaslarda oluşturduğu koruyucu gerginliği azaltır. Beyin, hasarlı bir eklem veya bir hareketle ağrı oluştuğunu bildiği zaman vucüdumuzu korumak için ilgili bölgedeki kaslarımızda gerginlikler yaratır. Bunun sonucunda kişinin hareketini kısıtlar ve vücudu koruduğunu düşünür. Değerlendirme sonrası uyguladığımız doğru manuel terapi teknikleri sonrası ise beynimizin sebep olduğu koruyucu reaksiyonunu azaltmasını ve hareketin ağrısız bir şekilde açığa çıkmasını sağlar. Kısıtlanmış hareket, beynin vücudu koruma çabası olduğu unutulmamalıdır. Manuel terapi öncesinde, artacak olan eklem mobilitesinin vücut için güvenli olduğu mutlaka testlerle değerlendirilmiş olması gerekir. Aksi halde manuel terapi sonrasında ağrıda artış görülebilir. Bu nedenle manuel terapinin doğru bir muhakeme ile ve uzmanlar tarafından yapılması şarttır.